Zaključkom Vlade Republike Hrvatske iz travnja 1998. godine, osnovan je Operativni stožer za ekshumacije, identifikacije i pokope žrtava iz masovne grobnice na Novom groblju u Vukovaru; usporedno s procesom ekshumacija i identifikacija žrtava pristupilo je uređenju Groblja hrvatskih branitelja iz Domovinskog rata - današnjeg Memorijalnog groblja žrtava iz Domovinskog rata u Vukovaru. Cjelokupni prostor današnjeg groblja trebalo je najprije razminirati, a zatim pristupiti raščišćavanju šumom obrasle površine cca 60 000 m2 (površina predviđena za ukopna mjesta i sve prateće objekte groblja). Današnji parkirališni prostor je od svibnja do srpnja 1998. godine korišten je kao prostor za ispraćaje i pokop. Po okončanom procesu ekshumacija iz masovne grobnice na Novom groblju u Vukovaru, pristupilo se daljnjem uređenju groblja te je tijekom 1999. godine groblje dobilo današnje obrise sa Alejama poginulih branitelja, Alejom civilnih žrtava, Alejom umrlih HRVI-a i Alejom članova obitelji poginulih hrvatskih branitelja. U sklopu uređenja groblja, projektom je predviđeno uređenje mjesta masovne grobnice, kao i uređenje Memorijalnog prostora sa spomenikom. Masovna grobnica uređena je na način postavljanja 938 (bijelih) mramornih križeva, na zatravnjenu površinu, a prema broju ekshumiranih žrtava. Na Memorijalnom je trgu, dana 05. kolovoza 2000. godine, svečano otkriveno brončano spomen-obilježje s vječnim plamenom, rad prof. Đurđice Ostoje.Zaključkom Vlade Republike Hrvatske od 16. studenog 2000. godine groblju je utvrđen je status "Memorijalnog groblja žrtava iz Domovinskog rata", a sredstva za čuvanje, održavanje i zaštitu osiguravaju se u Državnom proračunu Republike Hrvatske na poziciji Ministarstva obitelji, branitelja i međugeneracijske solidarnosti. Radovi adaptacije, sanacije, i dogradnje groblja koji slijede ovise o osiguranim sredstvima u narednim godinama. Na Memorijalnom groblju žrtava iz Domovinskog rata do siječnja 2012. godine je pokopano ukupno 413 poginulih hrvatskih branitelja, 306 civilnih žrtava iz Domovinskog rata, 115 umrlih HRVI-a, 1 umrli hrvatski branitelj (jedan od vukovarskih zapovjednika) te 45 članova obitelji poginulih hrvatskih branitelja. Memorijalno groblje žrtava iz Domovinskog rata u Vukovaru bilježi stalan rast broja posjetitelja, posebno tijekom proljeća i u jeseni, dok za vrijeme obilježavanja „Dana sjećanja na žrtvu Vukovara 1991.“ groblje posjeti preko 30.000,00 posjetitelja. Groblje palih branitelja je mjesto posebnog i najvećeg pijeteta u Republici Hrvatskoj! Ova najveća masovna grobnica u Europi nakon II. svjetskog rata nalazi se na istočnom prilazu Vukovaru. Kažu da slika govori više od tisuću riječi, ali jedno je ovo mjesto vidjeti na slici ili televiziji, a nešto sasvim drugo biti ovdje fizički nazočan. Tada riječi ostaju u zraku i samo želite sliku koja se pruža pred vama upiti u sebe i nikad je ne zaboraviti, ponijeti sa sobom u svoj grad sliku 938 bijelih križeva od kojih svaki simbolizira jednu žrtvu, ekshumiranu ovdje.
Ovdje su pokopane cijele generacije, mladost Vukovara i svih krajeva Hrvatske. Ovdje postajemo bespomoćni. Priča o tehničkim karakteristikama, veličini spomenika čini se besmislena i jedino što možemo je pokloniti im se i zahvaliti. Kažu da je ovo jedno od najljepših groblja. Oni takvo i zaslužuju. Bilo bi bolje da nikad nije ni moralo nastati.